L'ultima vittoria in campionato risale a quasi 20 anni fa ed è stata vinta nel 1997, ma nel 2001 il club ha raggiunto sorprendentemente la Finale della Copa Libertadores, dove ha dovuto ammettere la sconfitta solo ai rigori contro il Boca Juniors dall'Argentina. Molti giocatori famosi hanno già indossato la maglia del Cruz Azul, tra cui l'ex nazionale italiano Mauro Camoranesi e Ricardo Osorio, che dovrebbero essere noti ai più qui sin dal suo periodo al
VfB Stuttgart.